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瓊脂由瓊脂糖和瓊脂果膠（Agaropectin）兩部分組成，作為膠凝劑的瓊脂糖是不含硫酸酯（鹽）的非離子型多糖，是形成凝膠的組分，其大分子鏈鏈節在1，3苷鍵交替地相連的β-D-吡喃半乳糖殘基和3, 6-α-L-吡喃半乳糖殘基。而瓊脂果膠是非凝膠部分，是帶有硫酸酯（鹽）、葡萄糖醛酸和丙酮酸醛的復雜多糖，也是商業提取中力圖去掉的部分。在工業上的瓊脂色澤由白到微黃，具有膠質感，無氣味或有輕微的特征性氣味，瓊脂不溶于冷水，易溶于沸水，緩溶于熱水。